Il y a longtemps, les samouraïs vivaient paisiblement en regardant le ciel d'Edo. Mais un jour, des Aliens, aussi appellés Amanto, arrivèrent sur Terre et une guerre éclata dès lors. Les samouraïs furent confrontés aux Amantos dans le seul but de protéger leur planète mais le Shogunat, gouvernement militaire japonais, décida devant la puissance des envahisseurs de céder à leur requête et permettre aux Aliens de vivrent avec les humains. Au fur et à mesure, la puissance des Amantos rendait de plus en plus faible les samouraïs, jusqu'à ce qu'ils soit eux-même bannis et que le port du sabre soit interdit. Sakata Gintoki est un samouraï Freelancer (ou Yorozuya), une personne qui réalise n'importe quel boulot dans le seul but de gagner de l'argent. Il fera la connaissance de Shinpachi Shimura alors qu'il tente de l'aider contre des Amantos et de Kagura, une jeune fille naïve au caractère changeant mais doté d'une puissance incroyable qui formeront à eux trois les "Yorozuya Gin-chan".